L'équipe du NCIS soupçonne des pirates informatiques d'être à l'origine d'un attentat au cours duquel un missile de la Marine a atteint un bateau civil. Les agents sont chargés de découvrir si d'autres systèmes de la Navy ont été infiltrés. Après quelques recherches, les agents pensent qu'il s'agit d'un conflit au sein d'une organisation de cybercriminels. Hetty propose alors l'assistance d'une jeune informaticienne.
Série policière